В цифровых лабораториях чаще всего выходят из строя датчики, микроскопы, разъемы подключения, кабели, USB-порты, блоки питания и программное обеспечение. Часто встречаются проблемы с передачей данных от датчиков к компьютеру, со синхронизацией, неправильной калибровкой или полной потерей связи с одним из сенсоров.
Некоторые поломки связаны с механическим износом: падение датчиков, повреждение линз микроскопа, залитие жидкостью, повреждение кабелей при перемещении лаборатории.